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2015

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Régulation épigénétique de l'expression génique dans le mélanome

Unité de Recherche

UMR 7104 - Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC)
1 rue Laurent Fries 67404 ILLKIRCH

Équipe

Nom : Regulation de l'expression génique et cancer

Responsable : DAVIDSON Irwin - irwin@igbmc.fr

Téléphone du responsable : 0388653445

Composition de l'équipe :
- Chercheurs : 3
- ITA : 2
- Doctorants : 2
- Post-Docs : 4
- Autres : 0

Publications majeures de l'équipe relatives au sujet au cours des 3 dernières années (le cas échéant, 3 publications récentes du DT) :
1) Herquel B, Ouararhni K, Martianov I, Le Gras S, Ye T, Keime C, Lerouge T, Jost B, Cammas F, Losson R, and Davidson, I. (2013). Trim24 repressed VL30 retrotransposons regulate gene expression by producing noncoding RNA.. Nat. Struc. Mol. Biol. Mar;20(3):339-46. doi: 10.1038/nsmb.2496. Epub 2013 Feb 3..
2) Alpern, D, Langer, D, Ballester, B, Le Gras, S, Romier, C, Mengus, G, and Davidson, I. (2014). TFIID subunit TAF4 directs promoter occupancy of nuclear receptor HNF4A during post-natal hepatocyte differentiation. ELife, Sep 10;3. doi: 10.7554/eLife.03613.
3) Ennen M, Keime C, Kobi D, Mengus G, Lipsker D, Thibault-Carpentier C, and Davidson I. (2014). Single-cell gene expression signatures reveal melanoma cell heterogeneity. Oncogene. Aug 18;0. [Epub ahead of print].

Concernant la thèse

Directeur de Thèse : DAVIDSON Irwin - irwin@igbmc.fr

Téléphone : 0388653445

Co-encadrant : non

Co-tutelle : non

Co-Directeur : non

Concernant le sujet proposé :

Titre : Régulation épigénétique de l'expression génique dans le mélanome

Projet : Le mélanome malin est un cancer très agressif. MITF (Microphthalmia-associated transcription factor), un facteur de transcription de la famille bHLH-bZIP est un régulateur clé des propriétés physiologiques des cellules de mélanome et des mélanocytes. MITF contrôle la prolifération et l'invasion des cellules de mélanome. Afin de mieux comprendre comment MITF régule la transcription dans les mélanocytes et dans les cellules de mélanome, nous avons identifié plusieurs de ses cofacteurs. Parmi ces facteurs se trouvent les complexes de remodelage de la chromatine PBAF et NURF. Nous avons intégré des études fonctionnelles et génomiques in cellulo avec des approches génétiques chez la souris pour mettre en évidence un rôle important de BRG1, sous-unité clé de PBAF, et de BPTF, sous-unité cle de NURF, dans les cellules de mélanome et dans le développement de la ligné mélanocytaire. Le but de ce projet sera de mieux comprendre le rôle de ces complexes dans la régulation de la transcription dans le mélanome in vitro et dans des modèles de mélanome in vivo chez la souris. Dans les cellules de mélanome in vitro, nous étudierons le rôle de chaque sous-unité de ces complexes dans la régulation de l'expression génique, l'intégrité des complexes de remodelage et leur localisation génomique en combinant perte d'expression avec RNA-seq et ChIP-seq . Nous avons généré des souris recombinantes où les gènes codant Brg1 et Bptf sont floxés de sorte que nous puissions les inactiver dans la ligné mélanocytaire dans un modèle murin de mélanome. Nous pourrons ainsi étudier leurs fonctions lors de la tumourigenèse in vivo. Nous allons également construire de nouvelle souris recombinante exprimant une version oncogénique de Arid2, une autre sous-unité de PBAF muté dans le mélanome humain, afin d'évaluer sa capacité à induire une transformation oncogénique des mélanocytes et la formation de mélanome, seul, ou en combinaison avec Braf oncogénique.

Compétences souhaitées : Formation en biologie moléculaire et biochimie générale

Expertises qui seront acquises au cours de la formation : Toutes les techniques de base de culture cellulaire et de biologie moléculaire. Génération, gestion et analyse physiopatholgique et moléculaire des souris recombinantes. Génération, gestion et analyse bioinformatique des données génomiques